La población de Juanjui y en general de la provincia de Mariscal Cáceres, en sus orígenes se forma básicamente por inmigrantes aborígenes lamistas a partir de fines del siglo XVIII y las primeras décadas del siglo XIX, tiempo en que las reducciones coloniales terminan de desintegrarse con la expulsión del los Jesuitas y después con el establecimiento del estado republicano. Los hibitos y los cholones, que en su ubicación geográfica pueden ser considerados nativos mariscalenses, rápidamente se desintegraron, ya sea diseminándose entre la población mestiza o dispersándose en pequeños grupos que se alejarían mas al interior de la selva. De estas etnias sólo quedan contados descendientes asimilados por completo al mestizaje y algunos vocablos derivados de su habla como llullo (bebé), cuchi (cerdo) y otros más.

Los indígenas de Lamas fueron los primeros en poblar caseríos incluso más antiguaos que Juanjui, entre ellos tenemos a Huayabamba, Cayena, Balsayacu, Shepte ya existían antes que Juanjui, otros como Miraflores, Costa Rica, Capirona, Aucararca, Churo, Cinco Unidos, América, etc., se originaron paralelamente poco después, con fuerte presencia lamista y conservando sus costumbres y tradiciones.

Se dice que el pionero de estos inmigrantes fue un indio llamado Juan, que huyó de Lamas, bien por los maltratos recibidos o perseguido por la justicia de los misioneros. Vino a dar por estos territorios y a convivir con los pobladores de Chacho. Luego de algunos años volvió a Lamas y trajo consigo a su familia y algunas otras familias que vinieron atraídos por las referencias de la abundancia de animales silvestres.

Esta inmigración se intensificó aún más al producirse la independencia. Para entonces el asentamiento de Chacho ya era conocido en Lamas como las tierras de Juan Huido, con ello llegaron más inmigrantes lamistas. Con el paso de los años, de Juan Huido se derivó el nombre de Juanjui para designar de algún modo a estos territorios. Juntos con los indios lamistas, los mestizos procedentes de lugares como Cajamarca, Chachapoyas, Moyobamba y Rioja, iniciaron el poblamiento de Juanjui y la provincia, proceso que se mantuvo durante las últimas décadas del siglo pasado y cuyos grados de intensidad fueron disminuyendo progresivamente durante el presente siglo.