A la fecha, se conocen alrededor de 903 especies de fauna silvestre en el PNRA. Estas se encuentran distribuidas en 181 especies de mamíferos, 409 especies de aves, 17 especies de reptiles, 30 especies de anfibios, 14 especies de peces y 252 especies de invertebrados.


De éstas, 552 especies corresponden a muestras certificadas científicamente recolectadas en el sector occidental (Leo et al, 1992; Rodríguez, 1992, 1997 op. cit., PROFONANPE, 2001), y 351 corresponden a los resultados de encuestas tomadas en el sector oriental del Parque (PROFONANPE, 1999). De las 552 especies reportadas en el sector occidental, no menos de veintisiete son considerados endémicas del Perú, y su distribución está restringida al Parque y sus inmediaciones (PROFONANPE, 2001). Es preciso señalar que hacen falta mayores estudios que confirmen estos reportes.


Varias de estas especies están amenazadas. En el sector occidental se han reportado de modo certificado 18 especies amenazadas: 11 mamíferos y 7 aves (PROFONANPE, 2001). De estas especies amenazadas, de acuerdo al D.S. 013-99-AG/DGFF, 6 se encuentran en vías de extinción (5 mamíferos, 1 ave); 8 en situación vulnerable (4 mamíferos, 4 aves); 3 en situación rara (2 mamíferos, 1 ave); y una en situación indeterminada (ave).


Según el mismo Decreto Supremo, en el sector oriental se encontrarían (de confirmarse su presencia con estudios posteriores), 5 especies en vías de extinción (3 mamíferos, 1 ave y 1 reptil); 26 en situación vulnerable (17 mamíferos, 8 aves, y 1 reptil); 4 en situación rara (3 mamíferos y 1 reptil); y 7 en situación indeterminada (4 mamíferos y 3 aves). En general, en el sector oriental del PNRA, no existen mayores estudios sobre flora y fauna, y de ésta última no se han hecho colectas que respalden la supuesta presencia de diversas especies, difícilmente observables en el campo o de difícil identificación si no se cuenta con especimenes colectados, sobretodo en el caso de anfibios, iguánidos, y pequeños mamíferos.