La cuenca es un sistema integral, donde los daños que se infieren en las partes altas repercuten en las partes bajas. La parte colectora de la cuenca de un río, principalmente de los que bajan a la Costa, debe ser conservada y manejada con sumo cuidado porque de ella depende el abastecimiento de agua limpia y suficiente en la parte baja. Manejar la cuenca significa planificar todas las actividades agropecuarias y urbanas de tal manera que afecten en el menor grado posible al recurso agua.
Una cuenca constituye un sistema interdependiente donde lo que se hace mal o bien en la parte superior influye forzosamente en la parte inferior de la misma. Si en la parte superior se destruye la vegetación y se erosionan los suelos, las aguas de la zona inferior estarán sucias y con crecidas desastrosas. Si en la parte superior se vierten los relaves mineros, las aguas de la parte baja estarán contaminadas con sedimentos y elementos tóxicos para los seres vivos.
La cuenca es un factor que se debe tener en cuenta en la planificación del desarrollo integral de una región, especialmente en los aspectos referentes al uso del agua y, en general, a la explotación racional de los recursos naturales. El equilibrio ecológico regional está íntimamente ligado a la estabilidad de las cuencas.
En consecuencia, las cuencas deben ser manejadas con alta responsabilidad para evitar problemas graves en el presente y en el futuro. Este manejo responsable es de especial urgencia en aquellas áreas donde la escasez de agua es uno de los factores limitantes, como sucede en la Costa y en la Sierra. El manejo de una cuenca implica acciones importantes:
1. Planificar el desarrollo con una visión integral de la cuenca, teniendo en cuenta los impactos en todo el ámbito de la misma.
2. Tomar medidas muy estrictas para conservar o restituir la cobertura vegetal en toda la cuenca, pero especialmente en las partes altas, para controlar la erosión.
3. Evitar la contaminación de las aguas en toda la cuenca, porque implica serios problemas para la salud de las personas y costos de la producción.